La Cour des comptes a publié un rapport évaluant la politique de vaccination en France depuis 2018. Le bilan est contrasté : si la couverture vaccinale des nourrissons est jugée bonne, celle des adolescents et des adultes reste insuffisante, en particulier contre le papillomavirus (HPV) et la grippe. Le rapport pointe également des failles dans le système d'information vaccinal et des résultats décevants lors de la gestion de l'épidémie de rougeole à Montpellier en avril 2025.
Des résultats contrastés selon les publics
La Cour des comptes constate que « s’agissant des nourrissons, la couverture vaccinale de la France est bonne, en particulier contre la diphtérie, le tétanos, la poliomyélite, l’hépatite B ou encore les pneumocoques ». Elle note une quasi-disparition de la plupart des maladies ciblées. En revanche, « la vaccination des adolescents et des adultes obtient de moins bons résultats : seulement 55 % des jeunes de 15 ans sont vaccinés contre le papillomavirus, alors que ce taux dépasse 80 % dans de nombreux pays, comme le Portugal, l’Espagne et la Suède ».
La vaccination contre la grippe est en recul depuis 2022 et reste éloignée de l’objectif d’une couverture de 75 % de la population cible (personnes âgées de 65 ans et plus et certains malades chroniques). En 2025-2026, seulement 54 % des plus de 65 ans étaient vaccinés. La vaccination des femmes enceintes s’est améliorée depuis 2023, en lien avec une importante épidémie de coqueluche.
Des dépenses en hausse, une efficacité à améliorer
La politique de vaccination a représenté une dépense de 1,4 milliard d’euros en 2024, en hausse de 70 % depuis 2018, dont près de la moitié est constituée des remboursements de vaccins par l’assurance maladie (617 millions d’euros). La Cour a mis en balance le coût de la prévention et les économies sur la consommation de soins. Pour la grippe, qui a engendré directement 290 millions d’euros de coûts d’hospitalisation en 2024-2025, la Cour estime que si 75 % de la population cible était vaccinée, on observerait une chute de 34 % des cas, de 52 % des consultations, de 38 % des hospitalisations et de 51 % des journées de travail perdues.
L’ouverture de la vaccination aux pharmaciens et aux infirmiers n’a pas produit les résultats escomptés. La Cour espère que l’évolution des logiciels métiers des professionnels médicaux et paramédicaux, prévue en 2027 et 2028, accélérera la mise en place du carnet de vaccination électronique.
À Montpellier, un bilan « décevant » pour la rougeole
La Cour des comptes revient sur la gestion de l’épidémie de rougeole en avril 2025 dans le quartier de la cité Gély à Montpellier, dont la population « comprend une proportion significative de gens du voyage ». Dix-sept personnes ont été malades et quatre ont été hospitalisées. Malgré la mobilisation de l’ARS Occitanie et de la communauté professionnelle territoriale de santé (CPTS) Montpellier 1, le résultat est qualifié de « décevant ». Un budget total de 20 450 euros a été mobilisé pour « seulement 15 doses de vaccins administrées ».
Le système d’information vaccinal reste « lacunaire » et repose encore « principalement » sur le carnet papier, alors qu’un carnet de vaccination électronique a été intégré au Dossier médical partagé (DMP) depuis 2020. Il en est encore « à ses balbutiements ». Sébastien Brun, président du Syndicat des pharmaciens de l’Hérault, explique : « Pour pouvoir alimenter le DMP, il faut que le logiciel métier s’y prête. Celui des pharmaciens est adapté, c’est moins simple dans d’autres professions. » Il préconise des adaptations pratiques : « Nos patients reçoivent les bons de vaccination contre la grippe en ce moment, alors que le vaccin n’est disponible qu’à la mi-octobre… »
La vaccination contre le HPV patine, notamment en Occitanie
À peine 55 % des adolescents français sont vaccinés contre le HPV, contre 90 % en Islande et en Norvège, et au moins 80 % au Portugal et en Espagne. Les campagnes menées dans les collèges depuis septembre 2023 n’ont pas inversé la tendance : en 2024-2025, « seulement 9,2 % des élèves ciblés se sont vus administrer une première dose au collège ». Cette initiative « a rencontré des difficultés de mise en œuvre », note la Cour. En Occitanie, 12,6 % des établissements ne l’ont pas proposée aux élèves cette année-là. La région affiche l’un des taux les plus faibles de France : 6,5 % des collégiens ont reçu une dose de vaccin en 2024-2025, contre 15,1 % en Nouvelle-Aquitaine.
Le Dr Anke Bourgeois, coordonnatrice du centre de vaccination publique de l’Hérault, estime qu’« un Français sur cinq se méfie toujours des vaccins ». Elle ajoute : « On peut organiser toutes les campagnes de vaccination que l’on veut dans les collèges, sachant que c’est lourd et coûteux, si on n’a qu’un gamin sur dix, le résultat est mitigé. C’est encore en amont qu’il faut convaincre. » Elle salue la recommandation de la Cour des comptes de mieux intégrer la vaccination dans la stratégie de santé scolaire, sachant qu’« il y a 7 700 infirmières scolaires », dont la population a progressé de 40 % de 2000 à 2020.
