Une histoire d'infections antérieure à la pandémie de Covid-19 refait surface grâce à une étude approfondie. De novembre 2018 à février 2019, une transmission interhumaine du syndrome pulmonaire à hantavirus de la souche Andes a été observée dans une province d'Argentine, entraînant 34 cas confirmés et 11 décès. Publiée en décembre 2020 dans le New England Journal of Medicine, cette vaste enquête scientifique, menée par des chercheurs et médecins argentins associés à Gustavo Palacios, professeur à l'école de médecine Icahn du Mont Sinaï à New York, combine génomique, données cliniques et épidémiologie pour disséquer la transmission interhumaine du hantavirus Andes avec une précision inégalée.
Symptômes et évolution de la maladie
La première phase de l'infection se caractérise par de la fièvre (chez 100 % des patients), une fatigue intense, des maux de tête et des douleurs musculaires ou abdominales chez plus de la moitié des patients. Après cette phase, la maladie peut s'aggraver rapidement pour basculer dans la phase cardiopulmonaire, marquée par l'apparition soudaine d'une détresse respiratoire aiguë et, pour les cas les plus sévères, d'une hypotension, d'un œdème pulmonaire progressif et d'une hypoxie. L'étude ne met pas en évidence un profil clinique particulier ; l'âge, le sexe ou le profil immunologique ne sont pas apparus comme des critères déterminants. Le taux de mortalité de l'épisode argentin est de 32 %, oscillant entre 21 % et 50 % lors d'autres foyers infectieux.
Modes de transmission du virus Andes
Selon l'étude, la transmission interhumaine du virus Andes se fait très probablement par inhalation de gouttelettes ou d'aérosols. Sur l'ensemble des patients analysés, le mode d'exposition privilégié était le contact étroit (76 % des cas), suivi de l'exposition par gouttelettes ou aérosols (18 % des cas). La propagation est fortement associée au fait de maintenir des contacts étroits ou de participer à des rassemblements sociaux massifs alors que l'on est infecté. Par exemple, les événements déclencheurs des chaînes de transmission se sont déroulés lors d'une fête d'anniversaire d'une centaine de convives et lors d'une veillée funèbre. Ces épisodes montrent que la transmission est intimement liée au moment où le patient commence à développer des symptômes. L'étude révèle que dans plus de la moitié (52 %) des événements de transmission secondaire documentés, l'unique interaction entre la personne infectée et son futur cas contact a eu lieu le jour exact de l'apparition de la fièvre chez le patient primaire.
Durée d'incubation
La durée d'incubation du virus Andes varie de 9 à 40 jours, d'après les données cliniques recueillies sur 34 patients. De plus, le délai entre l'apparition des symptômes chez un patient primaire et l'apparition des symptômes chez la personne contaminée est d'environ 23 jours (± 7 jours) selon l'étude.
Caractéristiques des superpropagateurs
Trois patients symptomatiques ont été les principaux moteurs de la transmission, causant 64 % des cas secondaires. Dans cette étude, les « superpropagateurs » sont définis comme des patients ayant infecté plus de 4 personnes. Ces superpropagateurs présentent des caractéristiques biologiques et comportementales particulières. Du côté des comportements, ils ont participé à des événements sociaux ou ont maintenu des contacts étendus alors qu'ils étaient déjà symptomatiques. Par exemple, le premier événement de transmission interhumaine est parti d'une personne fiévreuse et souffrant de malaises ayant participé pendant 90 minutes à une fête d'anniversaire réunissant une centaine d'invités. Un autre superpropagateur a transmis le virus à six autres personnes en raison de sa vie sociale très active malgré les symptômes. Les superpropagateurs présentant des taux de virus élevés dans l'organisme avaient également une plus grande probabilité de propager l'infection. Leur réponse immunitaire était dérégulée, avec des niveaux plus élevés d'une interleukine impliquée dans la réponse inflammatoire par rapport aux patients non-propagateurs. En fin de compte, l'émergence de superpropagateurs s'explique par la combinaison de la biologie (forte charge virale) et de facteurs environnementaux (multiplication des contacts étroits).
Facteurs de non-transmission
Dans l'étude, 23 patients ont été identifiés comme des « non-propagateurs », n'ayant généré aucune transmission secondaire. Cette absence de transmission s'explique par une combinaison de facteurs biologiques, comportementaux et de santé publique. Après l'apparition des 18 premiers cas, des mesures d'isolement pour les patients symptomatiques et de quarantaine pour les cas contacts à haut risque avaient été mises en place.
Différences génomiques entre souches
Il existe très peu de mutations génomiques entre la souche Epuyén/18-19, responsable des cas de 2018-2019, et la souche Epilink/96, identifiée lors de la première transmission interhumaine de 1996. L'étude ne détaille pas la nature exacte de ces quelques différences génétiques, mais insiste sur leur très grande similarité. Malgré un écart de 22 ans entre les deux épidémies, cette forte ressemblance génomique suggère que le virus n'a pas eu besoin de s'adapter ou de subir d'importantes mutations pour maintenir sa capacité de contagion. La souche de 1996 possédait déjà les caractéristiques génétiques de base nécessaires pour franchir la barrière des espèces (de l'animal à l'homme) et pour se transmettre efficacement d'humain à humain. Les auteurs concluent que ce sont avant tout des facteurs écologiques et sociaux (comme les rassemblements et les contacts étroits) plutôt que des évolutions génétiques du virus qui favorisent le maintien de la transmission interhumaine.
