L'héritage botanique scandinave et sa transformation génomique
Épanouie au XVIIIe siècle après son essor au siècle précédent, la botanique connaît un âge d'or à travers l'Europe. Des jardins spécialisés, des herbiers précieux et des flores détaillées voient le jour pour préserver les espèces végétales issues tant de l'ancien que du nouveau monde. Les botanistes de l'époque s'attachent à décrire minutieusement l'apparence des plantes, leurs intérêts agronomiques potentiels, et entreprennent leur classification systématique, jetant les bases de la science moderne.
Flora Danica : un projet titanesque du siècle des Lumières
L'aspiration à un inventaire exhaustif des plantes d'un royaume atteint son apogée avec l'ambitieux projet Flora Danica. En 1752, le roi du Danemark Frédéric V confie au botaniste allemand Georg Christian Oeder, né en 1728 et décédé en 1791, la mission colossale d'établir une flore scandinave complète. L'œuvre se révèle d'une ampleur exceptionnelle, nécessitant des décennies de travail acharné. La publication des cinquante-quatre fascicules constituant cet atlas botanique encyclopédique, magnifiquement illustré par pas moins de 3 240 planches gravées avec précision, ne s'achève qu'en 1883, plus d'un siècle après son initiation.
Microflora Danica : la révolution génomique du XXIe siècle
En 2019, l'université d'Aalborg entreprend un recensement tout aussi exhaustif mais radicalement différent, dont une synthèse majeure paraît fin 2025 dans la prestigieuse revue Nature. Il s'agit cette fois de cartographier les microbes du territoire danois, donnant naissance au projet Microflora Danica. Ne vous attendez pas à ce que cette nouvelle entreprise inspire, comme son illustre aînée, le décor de services de vaisselle princiers : pour ce nouvel atlas, des centaines de térabits de données de séquençage d'ADN remplacent les superbes illustrations gravées de Flora Danica.
Afin de décrire sous l'angle génomique les écosystèmes microbiens complexes de l'eau, des sols et des sédiments danois, plus de 10 000 échantillons ont été méticuleusement collectés à travers tout le pays. Cette collecte s'est étendue des côtes maritimes aux lacs intérieurs, des forêts denses aux champs cultivés, des dunes côtières aux tourbières caractéristiques, et des prairies naturelles aux espaces verts urbains. Les données recueillies revêtent une valeur scientifique inestimable, car les microbiomes des milieux terrestres étaient jusqu'alors nettement moins échantillonnés et étudiés que ceux du corps humain ou des vastes océans.
Une représentativité longtemps biaisée et lacunaire
Cette représentativité biaisée et incomplète rendait particulièrement difficile de démêler les influences respectives du terrain naturel et des interventions humaines sur ces écosystèmes microbiens. Le projet Microflora Danica comble ainsi une lacune cruciale dans la connaissance scientifique mondiale.
Un cliché à haute résolution de la microflore invisible
Toutes les données de séquençage issues du projet Microflora Danica ont été déposées en accès libre, favorisant la recherche collaborative. Un premier jeu d'informations permet d'identifier les espèces microbiennes avec précision et d'estimer leur abondance relative dans chaque échantillon, grâce au séquençage systématique de la même région du génome chez tous les micro-organismes. La richesse stupéfiante de la microflore danoise, totalement invisible à l'œil nu, apparaît alors dans toute son ampleur : au total, 141 252 espèces de bactéries et 12 447 espèces de champignons microscopiques, microalgues et protozoaires ont été recensées, dont plus de 80 % constituent des espèces nouvelles pour la science !
